琅杰王司马睿(即晋元帝)和王导本是友好的。 王导知道天下开始动乱，全心全意地辅佐司马睿，暗地里确立了复兴朝纲的意志。 司马睿也非常信任珍惜他，友谊就像好朋友一样。 司马睿在洛阳时，王导总是劝他早点回朝贡国。

　　永兴二年(305年)，司马睿出镇下邳，不久将安东将军转移，请王导担任安东将军司马、军事计划，遵循其安排。

　　永嘉元年(307年)，司马睿遵照王导的建议，离开城市开始工作(后改建康，今江苏南京)。 王导带他去了南渡。 西晋灭吴后，南方士族被开除，工作困难，当然不满意。 王导打算在元孙吴国内建立以北方士族为中心的东晋，与南方士族取得联系成为极其重要的事务。 王导劝司马睿：“顾荣、贺循，是这里最有名的人，应该和他们交往，他们俩来了，没有不来的人”。 司马睿被王导派亲自拜访贺循环、区荣，两人应召抵达。 于是吴地人看风，人们回心转意。 从此他们相互依赖，确立了君臣的名分。 司马睿第一次来建设时，吴地人告诉建康，已经有一个多月了，士族人还没有来参拜，王导为此着急。 司马睿出去看禊祭时，王导把司马睿抬上轿子，安排了威严的仪容。 王导和王敦他们的名士们都是骑从者，纪瞻、顾荣等见到了惊讶，纷纷在道路左边进行了礼拜。 此事载于《晋书王导传》，司马光怀疑《资治通鉴考异》今人田馀庆在《东晋门阀政治》详细考试合格，认为并非史实。

　　永嘉五年(311年)，汉国大将刘曜，王弥打败洛阳，抓住晋怀帝，杀死王公以下士民三万馀人，北方陷入空前的战乱。 中原人士到江南避难有十分之六七，王导鼓励司马睿有机会接纳贤人君子，扩大力量谋大事。

　　当时荆州、扬二州比较稳定，人口众多，物产丰富，王导管理方针安静，司马睿克己经常鼓励精图治，辅佐君主安宁邦国。 因此，加重司马睿的器皿，两人之间的感情越来越深，在朝野心中，称王导为“仲父”。 司马睿对王导说：“你是我的肖邦啊。” 王导说：“从前秦朝没有路，世人弃乱世，但很狡猾的人又欺负人，人们感到汉王刘邦的恩德，一齐反对秦国，所以工作容易完成。 从曹魏立朝到晋太康时代，公卿士大夫与闸阀世人，奢侈浪费互相比较，先贤政教逐渐衰败，无先治世法者，沉溺于大小官吏，享乐，恶者可以有机骑，导致朝政大道的破坏。 但是，混乱和稳定是天地间的法则。 国王确立了与世并驾齐驱的功劳，力图统一山河、管仲、乐毅等人才。 那时出现的，是我们这种普通臣子无法模仿的。 希望国王深思熟虑，选择广大有能力的人。 顾荣、贺循、纪瞻、周玘，都是南方名人，希望王能敬服他们，天下安泰”司马睿采纳王导的建议，逐渐赢得南北士族的共同支持。 南渡学者桓伊到江东时，看到司马睿势力薄弱，非常担心，对名士周间说：“中原多，江南想找安身立命之地，法院这么薄弱，该怎么办？” 王导和他纵谈形势后，他的态度变化为“看了江左《管仲》，不再担心了”。

　　永嘉(307年—313年)末，王导迁任丹阳县，加辅国将军。 王导上奏劝司马睿不要轻易赐下臣鼓盖等礼崇之物，以区别尊卑雅俗。 司马睿命令表扬王导，为宁远将军崇拜他，不久加上威武将军。

　　建兴元年(313年)，晋惠帝司马邺即位，征王导成为林民部郎，但他没有就任。

　　建武元年(317年)，司马睿登上王位后，任命王导为首相军供奉酒。 立即监督右将军、扬州知事、江南诸军事，调动骞骑将军，乘常侍，率都督中外诸军、中书鉴，记录衡事，保留假节、刺史。 王导看到王敦统率六州，坚决辞去了都督中外诸军的职务。 后来因为他的事有关系，符号部分被删除了。

　　司马睿爱琅杰王司马裟，代替长子司马绍带着他的想法去征求王导的意见。 王导说：“立太子是立长子，司马绍也很聪明，所以不能随便改变。”司马睿犹豫不决。 王导常常抗议，确立了司马绍的名分。